三周目的核心挑战在于阵容配置与传说宝可梦捕捉。建议组建全能型队伍，电系选择雷电球或电龙应对速度与特攻需求，水/冰系推荐水箭龟或乘龙以覆盖多种属性克制。道具需优先配备恢复类物品与特性强化配件，如剩饭或生命宝珠。四大天王与冠军的阵容等级显著提升，部分馆主会使用全新技能组合，例如鬼系训练师阿桔需依赖神奇守护特性宝可梦抵挡关键攻击。
传说宝可梦的捕捉策略需分阶段执行。水君需通过固定路线追踪五次，最终在25号道路正辉家附近触发战斗；三圣鸟（闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟）需击败小智后触发，等级均为50级，分别位于发电厂门口、白银山及双子岛。超梦在华蓝洞穴深处，需冲浪与攀岩技能抵达，等级70级且携带高威力超能系技能。捕捉时建议将目标HP削弱至红色状态，并搭配黑色目光等防止逃跑的技能。
三周目新增的高难度副本包括道馆复刻挑战与终极冠军战。道馆复刻要求使用单一宝可梦连续对战，考验个体培养深度；终极冠军战的对手阵容全员等级90技能组合高度协同，需针对性调整属性克制与状态干扰战术。对战求助塔的经验训练师可快速提升队伍等级，但需注意部分NPC会使用强化类技能拖延战斗节奏。
雪拉比时空穿越事件需携带配信版雪拉比触发，揭示火箭队背景故事；关东地区可获取芳缘御三家（木守宫、火稚鸡、水跃鱼），分别在真新镇大木博士处与金黄市希鲁夫公司选择。特殊道具如GB播放器可切换游戏BGM，需在彩虹市GAME FREAK办公室获取。
