获得化石的主要和唯一常规途径是在游戏早期流程中的月见山山洞深处。玩家在推进主线剧情探索月见山时，会在山洞最深处遭遇并击败火箭队成员，之后会触发与一名研究员的对话事件，该事件会强制玩家从两块并列摆放的化石中选择一块带走，这个选择是不可逆的，一旦确认便无法更改，左侧是龟壳化石，右侧是贝之化石。
在月见山成功获得所选的化石后，玩家需要继续推进游戏主线剧情，直至抵达位于关都地区东南部的红莲岛。岛上设有一所宝可梦研究所，这里是复活化石的唯一地点。玩家需要携带化石进入研究所，与一楼的研究员对话，即可将化石复活为对应的古代宝可梦。需复活操作需要玩家的队伍中预留至少一个空位，如果队伍已满员则无法接收新宝可梦。
关于两块化石的具体区别，左侧的龟壳化石可以复活为化石盔，而右侧的贝之化石则可以复活为菊石兽，两者均为岩石与水双属性的宝可梦。由于只能在两者中选择且游戏内没有重复获取同一块化石的常规手段，玩家需根据自身队伍构建的偏好和战术需求在月见山做出慎重决定。复活后的宝可梦初始等级为5级，拥有其标准的属性和特性。
成功复活化石并获取古代宝可梦后，建议玩家对其进行针对性的培养，以发挥其在后续挑战中的潜力。由贝之化石复活而来的菊石兽，其最终进化形态多刺菊石兽拥有较高的特攻与防御属性，适合搭配特定技能体系。由于化石获取的不可逆性，这一选择在一定程度上影响了玩家前期的资源分配和队伍规划方向，因此建议在触发选择事件前进行存档，以备不时之需。
