通关一周目后，读取存档即可进入二周目剧情。游戏会从主角家门口重新开始，大木博士会主动出现并询问图鉴收集情况。若已收服超过60种宝可梦，博士会协助升级为全国图鉴模式；若未达标需先完成收集再触发该剧情。升级图鉴后前往精灵联盟会发现冰系天王科拿暂时离队，四大天王无法挑战。
从枯叶市码头乘船前往一之岛，与岛屿网络中心的NPC对话得知修复通信机器需要红宝石。在码头桥下使用冲浪术可抵达珍宝海岸获取道具。向右冲浪至灯火山区域，山顶洞穴内可遭遇火焰鸟，山脚右侧击败火箭队残党后进入隐藏洞穴获取红宝石。将宝石交还网络中心NPC可获得七岛船票，解锁岛屿间航行权限。
前往四之岛会遇见劲敌小茂但不会发生战斗。科拿住宅右侧的冰瀑洞窟需使用攀瀑术，内部需利用碎冰机关获取HM07技能机。协助科拿击败火箭队后得知五之岛存在秘密仓库。五之岛仓库需要密码才能进入，该密码需在六之岛通过特定机关获取：用居合斩开启洞穴大门，按上、左、右、下顺序通过陷阱机关可找到蓝宝石，但会被NPC抢走并留下仓库密码。
夺回蓝宝石后返回一之岛完成通信设备修复，可前往七之岛探索训练师塔和遗迹区域。华蓝市原本被堵住的洞穴入口现已开放，内部栖息着高等级野生宝可梦。完成七岛全部任务后，四大天王将重新开放挑战，其队伍等级提升至63-72级，需做好充分准备。三神鸟仍可在原栖息地捕获，但需注意闪电鸟、急冻鸟和火焰鸟的收服条件与一周目相同。
