打败四大天王并成为冠军后，游戏的旅程并未结束。回到家中的你会立刻触发新的剧情，下楼与爸爸对话可以获得至关重要的船票，这意味着水上航行的新区域已为你开放。紧小田卷博士会联系你前往研究所，将你的图鉴升级为全国图鉴，这是探索更广阔宝可梦世界的基础。前冠军米可利会联系你，建议你去寻找分散在各地的前任冠军们进行对战，这通常被认为是二周目主线剧情的开端。完成与各位冠军的对战后，最终你可能需要回到水静市进行报告，并面对像N这样的强力挑战者，以扞卫自己新获得的冠军头衔。
二周目的核心乐趣之一在于捕捉各种传说中的宝可梦，许多一周目无法遇见的神兽此刻都向你敞开了大门。你需要根据线索前往特定的地点，例如前往绿萌镇进入卡绿隧道，通过冲浪和攀瀑可以找到凤王与洛奇亚的所在；前往武斗镇的石之洞窟深处与人对话获得关键道具，再飞往茵郁市附近的特定洞穴，便能遭遇超梦。捕捉三神柱则是一个更为经典的解密任务，你需要前往暮水镇附近海域的布告石室，按照特定顺序阅读石碑，并确保队伍首位与末尾是特定的宝可梦，才能触发机关，分别前往三个遗迹进行捕捉，最后再回到海底遗迹挑战神柱王。
除了陆地与海洋，二周目还解锁了全新的梦世界领域。在完成现实世界丰缘联盟的挑战后，你需要前往梦之实验室或通过特定的水晶传送进入梦世界。这里拥有独立的八个道馆、新的四天王和冠军等待你去挑战，其难度往往比一周目更高。在梦世界中，你还可以捕捉到像比克提尼、捷克罗姆、雷希拉姆等更多来自其他世代的幻之宝可梦与传说宝可梦，例如在沉默地下街阅读文字后可被传送到幻龙之塔。探索并征服梦世界是二周目后期的重要内容，为你的图鉴收集和队伍强度带来巨大提升。
当你在现实世界和梦世界的冒险都取得相当进展后，对战开拓区将成为考验你战术与队伍深度的终极试炼场。这个设施坐落在凯那市坐船可抵达的南方小岛，由多个风格迥异的对战设施组成，例如侧重连胜记录的对战塔、考验瞬间判断的对战工厂等。每个设施都有其独特的规则，你不能单纯依靠等级碾压，而需要精心构筑队伍、研究属性搭配与技能组合。挑战对战开拓区不仅能赢得珍贵的BP点数以兑换稀有道具和招式学习器，更是向所有玩家证明你已从一名地区冠军成长为全方位对战高手的标志。
探索的深入，你还会发现世界发生了一些微妙的变化，一些新的人物和剧情被触发。你可能会在凯那市的港口再次遇到亚希达，听他详述对战开拓区的事宜；也可能在天气研究所得到关于盖欧卡或固拉多再次活动的线索，前往指定水域或道路进行捕捉。整个丰缘地区的城镇与道路在二周目下呈现出新的可探索性，许多之前无法进入的洞穴深处、需要特定神通力打开的路径现在都已畅通无阻，鼓励你重新踏足每一个角落，发现那些被隐藏起来的秘密与宝藏。
